高性能计算中心是由计算机学院代管，实行校、院两级管理，以计算机学院为主的管理模式。学校实验室及设备管理处主要负责中心的总体宏观建设规划、实验技术与管理队伍建设及中心运行管理督导等工作。计算机学院主要负责中心日常工作的具体领导、组织、协调、监督和检查。

中心实行主任负责制，中心主任、副主任由学校直接任命。中心主任由计算机学院教学副院长兼任，全面负责中心各项工作，包括制定中心建设规划和年度工作计划，组织完成中心实验教学任务及日常管理运行工作，负责中心工作人员的培训及考核工作等。

高性能计算中心有一支稳定、有较高水平，年龄结构适宜，职称结构比较合理并立志工作在高性能教学、实验的教学和管理团队。中心现有教职员工6人，其中正高职称2人，副高职称2人，其它2人。教师中有博士3人，硕士1人。中心在实验室工作队伍建设上狠抓了实验教学队伍的建设，为实验室工作队伍在专业技术能力提高上打下了比较坚实的基础。